国土交通省航空局は、ANAホールディングスと傘下の4社を厳重注意した。
厳重注意を受けたのは、ANAホールディングスと全日本空輸（ANA）、エアージャパン、ANAウイングス、ピーチ・アビエーションの5社。
国際線受託手荷物料金で未認可の料金を収受したほか、国内線運賃で未届出の運賃の収受、国際線運賃で未認可の運賃の収受、事業計画の変更に係る届出や認可申請の未実施など、航空法に定める届出や認可申請手続きで13件の不備が確認された。
国内線運賃・料金では、ピーチが旅客便で未届出運賃（2024年8月〜9月）、ANAが貨物輸送で未届出の運賃を収受（2024年4月〜5月）していた。
国際線運賃・料金では、ANAが旅客便で未認可の運賃（2023年10月〜2024年12月）、超過手荷物料金（2024年7月〜2025年5月）、付帯サービス料金（2025年4月）、貨物輸送で未認可の運賃（2016年4月〜2024年6月）と危険物取扱手数料（2016年4月〜2024年10月）、燃油サーチャージとセキュリティサーチャージ（2016年4月〜2025年1月）、貨物フォワーダーチャーター便で追加用機者に係る未認可運賃（2020年4月〜2023年7月）をそれぞれ収受していた。
この他にも、ANAとエアージャパン、ANAウイングスの3社が運航・整備体制を変更する際、事前・事後に行うべき届出を怠っていた。
国土交通省航空局は、不備が発生した要因の分析、再発防止策の検討・実施等の必要な措置を速やかに講じた上で、7月7日を目途に報告するよう指示した。
